商船学院成立于1995年4月，现设有学院办公室、航海技术系、轮机工程系、学生工作部等教学运行机构。商船学院作为国家培养高级航海技术人才的基地，以“重素质，保质量，培养敬业精神好，外语水平高，实践能力强的高级国际航海人才”为办学目标。自1972年以来，已有19000余名航海类专业毕业生走出校门，投身航运事业，其中许多人已成为我国国内外运输和航海科技事业的骨干力量，为我国的航运现代化建设做出巨大贡献。

目前学院拥有2个一级学科博士点（交通运输工程、船舶与海洋工程），3个二级学科博士点（交通信息工程及控制、载运工具运用工程、轮机工程），3个一级学科硕士点（交通运输工程、船舶与海洋工程、动力工程及工程热物理），3个二级学科硕士点（交通信息工程及控制、载运工具运用工程、轮机工程），5个工程类专业学位类别（交通运输、电子信息、机械、土木水利、能源动力），6个工程类专业学位领域（水路交通运输、人工智能、船舶工程、海洋工程、动力工程、清洁能源技术）。其中载运工具运用工程为上海市重点学科，轮机工程为上海市教委重点学科。本科设有航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程和能源与动力工程等4个专业。其中航海技术、轮机工程和船舶电子电气工程专业为国家级特色专业建设点和上海市属高校应用型本科试点建设专业；航海技术和轮机工程专业为教育部卓越工程师教育培养计划专业(2012年)、国家级一流本科专业建设点(2019年) 和上海市本科教育高地；能源与动力工程专业为上海市一流本科专业建设点(2020年)；轮机工程硕士学位、轮机工程和船舶电子电气工程本科专业通过英国轮机工程及海事科技学会（IMarEST）认证（2022年）；航海技术专业通过中国工程教育认证（2023年）。

商船学院具有较完备的教学、实验和科研设施，设有10个教研室、2个教学实验中心和1个教学平台。拥有组合式液货模拟船教学平台（吴淞号）、综合船桥系统（IBS）实验室、船舶操纵模拟器、电子海图、全球海上遇险和安全系统（GMDSS）、轮机模拟器、船舶机舱综合实验室、柴油机特性测试、制冷空调、水泵性能测试、冷藏集装箱综合实验室、冷库等具有先进水平的实验设备；拥有4.8万吨散装无限航区多功能教学实习船“育明”轮和各类航海专业技能训练所需的艇筏与配套设备；成立了上海海事大学－中国海运（集团）总公司国家级实践教育中心等40家校外实习基地。

学院现有在编教职工208人。专任教师141人，其中教授26人，研究员1人，副教授 53人；实验员39人，其中，高级工程师6人，工程师20人。学院教师中持有海员高级船长证书3人，船长证书18人，持有高级轮机长证书1人，轮机长证书17人。

商船学院国际交流与合作项目日益扩大和深入，极大促进了学院的国际化办学水平。近年来，有来自IMO（国际海事组织）、美国麻省海事学院、美国圣地亚哥海事学院等不同国家的外籍专家、教师来院进行短期讲学；学院与美国麻省海事学院、丹麦哥本哈根轮机工程学院、日本东京海洋大学、韩国木浦海洋大学等知名院校建立了留学生互访、交流学习等合作。

（更新于2024年4月）